Przez pierwsze cztery lata kapłaństwa sprawował posługę wikariusza w Bobowej. Po śmierci matki zdecydował się wyjechać na misje i odbył szkolenie w Centrum Formacji Misyjnej w Warszawie. W kwietniu 1989 arcybiskup Ablewicz skierował go do pracy misyjnej do Konga. Czuba był najpierw wikariuszem w Mindouli, a później został proboszczem w Loulombo (od 1992 roku). Zbudował na miejscu aptekę i dom dla sióstr zakonnych, planował budowę kościoła i szpitala. Jego pasją była też hodowla pszczół. Pragnął nauczyć pszczelarstwa Afrykańczyków, szczególnie młodych. W ramach edukacji kulturalnej, społecznej i zawodowej chciał także nauczyć swoich parafian, jak uprawiać owce. Kontynuował pracę misyjną po wybuchu w Kongu wojny domowej latem 1997 roku.
25 października 1998 r. rada parafialna zdecydowała o oddaleniu się od parafii, gdyż nasilało się niebezpieczeństwo. Jeśli opuszczę Loulombo, chrześcijanie też uciekną. Lepiej zostać i umrzeć wśród moich parafian – odpowiadał, gdy namawiano go do opuszczenia wioski. 27 października 1998 r. pojawiła się w Loulombo grupa bandytów, żądająca wydania broni, która miała się znajdować na plebanii tamtejszej parafii. Ks. Jan Czuba twierdził, że nie ma broni. Napastnicy przeszukali plebanię. Niczego jednak nie znaleźli. Zabrali pieniądze i wyszli na zewnątrz, jedząc mango.