Duchowieństwo cerkwi bezpośrednio po zawarciu unii brzeskiej przyjęło jej postanowienia, bowiem nie było przy niej ukształtowanego silnego bractwa, powszechnie przyjmującego antyunijną postawę.
XVII wiek W czasie sporów prawosławno-unickich o świątynię w I połowie XVII w. cerkiew ta pozostawała zawsze w gestii unitów. W akcie z 10 marca 1636 komisarze królewscy postanowili pozostawić ją wraz z cerkwią Trójcy Świętej unitom, aczkolwiek i na terenie parafii Narodzenia Matki Bożej zamieszkiwało wielu prawosławnych, którym akt zapewniał swobodę religijną, dając wolność do cerkwi nieunitom przysądzonym chodzić y tam swe nabożeństwa odprawować... W 1637, w związku ze sprawą o. Teodora Jakubowicza, duchowne władze unickie przeprowadziły wizytację cerkwi. W akcie wizytacji opisane były m.in. ikony, przedmioty, naczynia, szaty oraz księgi liturgiczne. Cerkiew była dobrze zabezpieczona we wszystko, co niezbędne w czasie nabożeństw. Zwracają uwagę trzy ikony ukraszennyje złotom oraz dwie stare księgi rękopiśmienne – zdobiona Ewangelia i służebnik. Obok cerkwi znajdowała się nie wykończona dzwonnica z zawieszonymi na niej czterema dzwonami. Stan samej świątyni przedstawiał się wówczas niezadowalająco. Jak stwierdza dokument, cerkiew była opadłaja, wymagała solidnego remontu. Za taki stan rzeczy wizytator o. Zachariasz Furs obarczył o.