W XV wieku doszło do rozbicia dzielnicowego Bawarii i rozrodzenia dynastii. Zjednoczenia wszystkich rozbitych księstw dokonał książę Monachium Albrecht IV Mądry. Od 1583 roku do 1761 roku młodsi przedstawiciele książąt bawarskich zasiadali na tronie arcybiskupów i elektorów Kolonii.
W czasie wojny trzydziestoletniej, w 1623 roku książę Maksymilian otrzymał odebraną kuzynom z Palatynatu godność elektora Cesarstwa. Po kończącym wojnę traktacie westfalskim 1648 godność elektora przysługiwała obydwu liniom dynastii: bawarskiej i palatyńskiej.
Po wygaśnięciu głównej linii dynastii Habsburgów (1740 rok), na podstawie układów jeszcze z czasów średniowiecza Wittelsbachowie bawarscy zgłosili pretensje do dziedzictwa po nich. Ostatecznie uzyskali chwilowo w latach 1742 – 1745 tylko tron cesarski w osobie Karola VII Albrechta (po kądzieli wnuk polskiego króla Jana III Sobieskiego). Na jego synu Maksymilianie III zmarłym w 1777 roku wygasła linia bawarska Wittelsbachów. Jej spadkobiercami zostali Wittelsbachowie z linii palatyńskiej.