Negocjacje drugiego etapu dwustronnych umów Komisja Europejska – Rada Związkowa trwały od lipca 2001 do 25 czerwca 2004 roku, tego dnia parafowano dziewięć umów. Siedem tematów zamknięto stosunkowo szybko, jednak rozwiązania dla dwóch – przestępstwa finansowe oraz Schengen/Dublin – znaleziono dopiero w ostatniej chwili, po długich debatach poświęconych określeniu zakresu szwajcarskiej tajemnicy bankowej. Negocjacje w przedmiocie liberalizacji obrotu usługami zostały – w związku ze znaczną liczbą wciąż nieuzgodnionych kwestii – wyłączone z II serii umów dwustronnych w marcu 2003 roku i będą kontynuowane oddzielnie w okresie późniejszym..
Dzięki temu porozumieniu Szwajcaria jest również sygnatariuszem układu z Schengen. 5 czerwca 2005 roku Szwajcarzy w referendum opowiedzieli się za wejściem w życie wynegocjowanego porozumieniaVote takes Switzerland closer to EU.Swiss vote to join EU passport-free zone.. Kraj stał się członkiem układu 12 grudnia 2008 roku. Otwarcie granic lądowych miało miejsce 12 grudnia 2008 r.