W latach 1558–1713 pod wpływem prądów reformatorskich w Nowotańcu powstał kościół tzw. helwecki. Jego założycielem był ówczesny właściciel Nowotańca – Hieronim de Stano herbu Gozdawa, gorący protektor ruchów protestanckich, ożeniony z córką Adama Wzdowskiego Zofią. On i jego spadkobiercy, do momentu sprzedania miasteczka, utrzymywali z własnych środków kolejnych pastorów. W roku 1558 biskup Jan Dziaduski poleca wydalić z diecezji przemyskiej Jakuba ze Strzyżowa kaznodzieję dworu Matjasza III, lecz ten ucieka z Hoczwi do Nowotańca gdzie zostaje pastorem u swego opiekuna Hieronima Stano a następnie u Stanisława Drohojowskiego z Jaćmierza. Hieronim zostaje wówczas przyjęty do herbu Balów.
W 1613 r. protestanci oddali katolikom świątynię, budując nową. W 1698 r. odbywał się jeszcze w Nowotańcu synod kalwiński.