Około 1964 zaczął malować. W połowie lat 60. wskazówek udzielał mu sanocki malarz Tadeusz Turkowski, ponadto Beksiński kontaktował się z innym sanockim malarzem Bronisławem Naczasem. Zdecydowanie zerwał wówczas z awangardą i w pełni oddał się malarstwu fantastycznemu, wizjonerskiemu, figuratywnemu, starannie malowanemu farbą olejną na płycie pilśniowej. Nigdy nie dawał swoim obrazom tytułów, uznając, że każdy widz może je interpretować w dowolny sposób. Pierwszy okres tego malarstwa, pod wpływem mistycyzmu wschodniego, któremu wówczas Beksiński hołdował, był pełen symboli, tajemniczych treści i katastroficznej, pełnej grozy atmosfery. Podczas tworzenia obrazów malarskich stosował jednoczesne słuchanie muzyki. Artysta tworzył przy muzyce, głównie neoromantycznej. W jego pracowni w Sanoku znajdowało się wiele urządzeń audio (np. magnetofon)
W latach 1957–1960 był członkiem nieformalnej grupy fotograficznej wraz ze Jerzym Lewczyńskim i Bronisławem Schlabsem. Ich twórczość była próbą włączenia się do ruchu fotografii subiektywnej Otto Steinerta.