Zdzisław Beksiński był ich jedynym dzieckiem. Jego rodzicami chrzestnymi zostali kpt. Franciszek Orawiec i Helena Potocka z domu Dworska. Zdzisław o swoim stosunku do wiary napisał: „Wiarę utraciłem powoli, na raty, w zasadzie pierwszym i zasadniczym powodem był fakt, że nie chciało mi się mówić pacierza wieczorem”. W dorosłym życiu deklarował się jako ateista. Stosunek Zdzisława Beksińskiego do religii zapisała Magdalena Grzebałkowska w książce Beksińscy. Portret podwójny, w rozdziale Dolina ŚmierciMagdalena Grzebałkowska Beksińscy. Portret podwójny, rozdział Dolina Śmierci, Wydawnictwo Znak, Kraków 2014..
Siostrą jego matki była Maria, żona Stanisława Potockiego, matka Jerzego i Anny Potockiej-Hoser. W dzieciństwie w Sanoku przyjaźnił się z dalekim krewnym Tadeuszem Hoffem.