Instytut Kaszubski – instytucja naukowa (formalnie i faktycznie stowarzyszenie) o profilu humanistycznym i regionalnym – kaszubsko-pomorskim, i charakterze badawczo-popularyzatorskim, istniejąca od 1996 r. w Gdańsku. Skupia ponad 100 osób ze środowiska naukowego, głównie z Pomorza, organizuje i koordynuje badania, integruje środowisko, promuje zagadnienia pomorskie, prowadzi m.in. działalność wydawniczą i gospodarczą. Jej pierwszym prezesem był prof. Józef Borzyszkowski, obecnie prof. Cezary Obracht-Prondzyński.
Historia Myśl powołania kaszubskiego centrum badań naukowych uzyskała realną postać w 1996 r. z inicjatywy prof. Józefa Borzyszkowskiego, który w l. 1990-96 był wicewojewodą gdańskim. Po kilku spotkaniach, na których m.in. ustalono nazwę placówki, 20 listopada 1996 r. w Gdańsku odbyło się zebranie założycielskie Instytutu. Przyjęto na nim statut i sporządzono rejestr najpilniejszych prac badawczych związanych z tematyką kaszubską. 22 stycznia 1997 r. Instytut Kaszubski w Gdańsku zarejestrowano sądownie.