2 grudnia 1945 został wybrany deputowanym do Zgromadzenia Ludowego (parlamentu) z okręgu nr 1 w Gjirokastrze. W parlamencie zasiadał odtąd nieprzerwanie, aż do śmierci. 11 stycznia 1946 został wybrany przewodniczącym prezydium Zgromadzenia Konstytucyjnego, pełniącym de facto funkcję głowy państwa. To na jego ręce składali listy uwierzytelniające pierwsi przedstawiciele dyplomatyczni przybywający w tym czasie do Tirany.
W 1952 funkcjonariusze Sigurimi aresztowali jego brata Besima. Po śmierci Stalina w 1953 r., kiedy w Albanii doszło do czystek w aparacie partyjnym i państwowym, także i Omer Nishani stał się osobą niepożądaną. 31 lipca 1953 usunięto go ze stanowiska przewodniczącego prezydium parlamentu. Poinformowany, że w najbliższym czasie zostanie aresztowany przez Sigurimi cierpiący na nieuleczalną chorobę wątroby Nishani popełnił samobójstwo z broni służbowej. Autopsja potwierdziła, że śmierć nastąpiła w wyniku dwóch postrzałów w okolice serca i krwotoku.