Nauka w klasie niższej odbywała się wyłącznie w sposób praktyczny i trwała jeden rok. W klasie wyższej nauka trwała początkowo, do 1825, również jeden rok, później przedłużono ją do dwóch lat. Przyjmowano do niej tylko kandydatów, którzy ukończyli szkoły wydziałowe lub cztery klasy szkoły wojewódzkiej. W latach 1822–1830 kształciło się w niej 122 uczniów, całkowity zaś kurs nauki ukończyło 72. Byli to przeważnie synowie drobnej szlachty zagonowej.
W 1824 nastąpiła kolejna reorganizacja Instytutu, w wyniku której zniesiono klasę niższą, otwierając na jej miejsce tzw. szkołę wiejską, przeznaczoną dla ubogich dzieci, oraz przyłączono do Instytutu nowo otwartą Szkołę Weterynarii. Do szkoły wiejskiej przyjmowano chłopców w wieku od 12 do 20 lat. Nauka trwała od 6 do 8 lat. Uczniowie musieli zapracować na swoje utrzymanie. Natomiast do Szkoły Weterynarii przyjmowano uczniów znających zaledwie sztukę czytania, pisania i cztery działania arytmetyczne. Nauka trwała dwa lata i ograniczała się w zasadzie do leczenia i kucia koni. W latach 1826–1830 ukończyło w niej naukę 12 słuchaczy.
W wyniku upadku powstania listopadowego władze rosyjskie zamknęły wszystkie szkoły wyższe i zawodowe w Królestwie Polskim, w tym Instytut Agronomiczny, który został przywrócony do życia w 1836.