10 maja 1940 wojska niemieckie zaatakowały Francję i Benelux. Siły alianckie w Norwegii wycofano i walczące jeszcze jednostki norweskie kapitulowały 10 czerwca. Król Haakon VII i rząd udali się na wygnanie do Wielkiej Brytanii. Fleischer chciał pozostać w kraju i organizować ruch oporu, ale otrzymał rozkaz wyjazdu wraz z królem i rządem, któremu się podporządkował.
W grudniu 1940 Naczelny Wódz, gen. Władysław Sikorski udekorował Fleischera przed frontem całej Brygady Podhalańskiej krzyżem orderu Virtuti MilitariF.S. Składkowski, Nie ostatnie słowo, s. 491..
W Wielkiej Brytanii Fleischer został szefem Sztabu Generalnego Norweskich Sił Zbrojnych na uchodźstwie, ale wkrótce poróżnił się z rządem, który mianował głównodowodzącym innego generała (1942). Fleischer podał się do dymisji, po czym został wysłany do Kanady jako dowódca minimalnych norweskich jednostek szkolonych w tym kraju.