W Lublinie (na Wrotkowie) upamiętniono jej nazwisko w nazwie spółdzielni mieszkaniowej (Spółdzielnia Mieszkaniowa im. Wacława i Zofii Nałkowskich), w nazwie osiedla mieszkaniowego (Osiedle Nałkowskich) i ulicy (ul. Nałkowskich). W nazwie innej ulicy w tej samej dzielnicy upamiętniono jej ważne dzieło Medaliony (ul. Medalionów). W Lublinie również powstało liceum nazwane jej imieniem (VIII Liceum Ogólnokształcące im. Zofii Nałkowskiej).
W różnych miastach i wsiach Polski znajdują się ulice nazwane jej imieniem i nazwiskiem.
W Wołominie znajduje się Muzeum im. Zofii i Wacława Nałkowskich.
21 września 2019 Rada Miejska w Wołominie przyznała Zofii Nałkowskiej tytuł Honorowego Obywatela Miasta Wołomin.
10 listopada 2019 na rogu ul. Kościelnej i ul. Legionów w Wołominie został odsłonięty pomnik Zofii Nałkowskiej.
10 października 2020 w Tychach odsłonięto malarsko-ceramiczny mural przedstawiający wizerunek pisarki. Praca Marty Piróg-Helińskiej i Marka Greli umieszczona została elewacji budynku przy ul.