Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości społeczność prawosławna w Siedlcach utraciła obydwie świątynie. Cerkiew Świętego Ducha zaadaptowano – po przebudowie – na rzymskokatolicki kościół garnizonowy, natomiast w drugiej urządzono liceum pedagogiczne. Wierni (w owym czasie ok. 200 osób) urządzili cerkiew domową u zbiegu ulic Jana Kilińskiego i Trzeciego Maja. W ostatnich latach przed wybuchem II wojny światowej proboszczem parafii siedleckiej został prawosławny kapelan wojskowy ks. Maksym Sandowicz (syn św. Maksyma Gorlickiego), który w czasie okupacji hitlerowskiej udzielał schronienia wielu osobom poszukiwanym przez Niemców. Cerkiew domowa uległa spaleniu w czasie działań wojennych w 1944.
Przygotowania do budowy nowej świątyni rozpoczęto w 1981, jednak mimo zgody władz miejskich czterokrotnie zmieniano lokalizację. Spowodowane to było nieprzychylnym stosunkiem części duchowieństwa rzymskokatolickiego do budowy cerkwi prawosławnej na terenie miasta. Ostatecznie budowę rozpoczęto w 1984, która trwała 6 lat. Świątynia – pod wezwaniem Świętej Trójcy – została konsekrowana 10 czerwca 1990.