Historia Junges Klangforum Mitte Europa powstała w 2002 roku z inicjatywy dyrygenta Christopha Altstaedta oraz menadżera kultury Holgera Simona (na stanowisku kierowniczym 2002-2007). Zespół ten składał się początkowo z członków Młodzieżowej Orkiestry Federalnych Niemiec i występował pod nazwą „Junges Deutsches Klangforum." Po projekcie w czeskim Terezínie, realizowanym wraz z młodymi czeskimi muzykami, zrodziła się myśl dalszej współpracy. Do poparcia oraz realizacji tej idei przyczynił się Richard von Weizsäcker. Od tej pory Orkiestra nosi nazwę Junges Klangforum Mitte Europa.
Patronami Orkiestry Junges Klangforum Mitte Europa, są Richard von Weizsäcker, Lech Wałęsa i Václav Havel, jako przedstawiciele każdego z państw członkowskich.
Za muzyczne dokonania oraz zaangażowanie w kwestii porozumienia między narodami Junges Klangforum Mitte Europa została uhonorowana nagrodą Praemium Imperiale 2004, Nagrodą Marion Dönhoff w 2005 roku oraz nagrodą Europejskiej Orkiestry Młodzieżowej 2006 roku.
Dyrektorem artystycznym orkiestry jest Christoph Altstaedt.