Jego zainteresowania skupiają się na stosunkach wyznaniowych w Rzeczypospolitej w XVI – XVII wieku, dziejach prawosławia i unii brzeskiej, stosunkach prawosławnych i protestantów w końcu XVI i w XVII wieku, historii politycznej i społecznej Wielkiego Księstwa Litewskiego i ziem ruskich Korony w epoce nowożytnej oraz na biografistyce.
Wybrane publikacje (redakcja) Europa Orientalis. Polska i jej wschodni sąsiedzi od średniowiecza po współczesność: studia i materiały ofiarowane prof. Stanisławowi Alexandrowiczowi w 65 rocznicę urodzin, red. nauk. Zbigniew Karpus, Tadeusz Kempa, Dorota Michaluk, Toruń: Uniwersytet Mikołaja Kopernika 1996. (redakcja) Czterechsetlecie zawarcia Unii Brzeskiej 1596-1996 : materiały sesji naukowej zorganizowanej w Toruniu w dniach 28–29 listopada 1996 r., pod red. Stanisława Alexandrowicza i Tomasza Kempy, Toruń: TN 1998. Konstanty Wasyl Ostrogski (ok. 1524/1525-1608), wojewoda kijowski i marszałek ziemi wołyńskiej, Toruń: Uniwersytet Mikołaja Kopernika 1997, . Mikołaj Krzysztof Radziwiłł Sierotka (1549-1616), wojewoda wileński, Warszawa: „Semper” 1999, . Dzieje rodu Ostrogskich, Toruń: Wydawnictw Adam Marszałek 2002, . Akademia i Drukarnia Ostrogska, Biały Dunajec – Ostróg: Ośrodek „Wołanie z Wołynia” 2006. Wobec kontrreformacji.