W kolejnych dniach miały miejsce liczne aresztowania i egzekucje, których ofiarą padały osoby oskarżane o naruszenie rozmaitych zarządzeń okupanta. Z kolei 10 września Niemcy zatrzymali w Częstochowie kilkuset mężczyzn narodowości polskiej i żydowskiej, których po pewnym czasie wywieźli do „obozów dla jeńców cywilnych” znajdujących się na terenie Niemiec.
Już 4 września 1939 funkcjonariusze niemieckiej Einsatzgruppe II przeszukali siedziby częstochowskich urzędów oraz rozmaitych polskich instytucji. Niemcom udało się wówczas zdobyć listę członków zarządu Związku Powstańców Śląskich. W budynku miejscowego starostwa znaleźli natomiast wykaz działających w mieście partii politycznych oraz adresy ich siedzib.
W okupowanym mieście szybko zainstalowały się struktury niemieckich władz państwowych i policyjnych. Początkowo stanowisko komisarycznego burmistrza Częstochowy piastował miejscowy volksdeutsch Paul Boehlke, którego niebawem zastąpił kreisleiter NSDAP z Opola – Drohberg. W październiku 1939 miasto zostało włączone w skład nowo utworzonego Generalnego Gubernatorstwa (dystrykt radomski, powiat radomszczański). Funkcję stadthauptmanna objął wówczas dr Richard Wendler.