Wśród pozostałych muzeów znajduje się tu także Muzeum Techniki Drogowej i Mostowej Okręgu Lubelskiego Generalnej Dyrekcji Dróg Krajowych i Autostrad (przy Rynku Wielkim, podobne Muzeum Drogownictwa jest w Szczucinie), oraz Muzeum Diecezjalne Diecezji zamojsko-lubaczowskiej. W 2018 r. otwarto kolejne muzeum, o tematyce wojskowej – Muzeum 3 Dywizji Piechoty Legionów przy zamojskiej jednostce wojskowej, a od 2020 roku do zwiedzania dostępne jest Roztoczańskie Muzeum PRLRoztoczańskie Muzeum PRL.. W mieście działa także Muzeum Fotografii, posiadające na swoim wyposażeniu zrekonstruowany, działający fotoplastykon.
Po pracach remontowych ponownie można zwiedzać nadszaniec i przyległy do niego bastion VII wraz z kurtyną (zachowane fragmenty zamojskiej twierdzy), przez które dostępne jest przejście łączną trasą turystyczną. W samym nadszańcu (pełniącym także funkcję handlową – Centrum Turystyczno-Handlowe „Nadszaniec”) znajdują się dodatkowo eksponaty związane z rozwojem zamojskich fortyfikacjiZakres projektu Konserwacja, renowacja i adaptacja na cele kultury zespołów fortyfikacji Starego Miasta w Zamościu.. Zwiedzający trasę mogą wejść także na jego dach (punkt widokowy na Stare Miasto), natomiast w sezonie letnim dostępne jest wejście na bastion.