W drugiej połowie XVIII wieku w związku z walkami Rosji z Turcją o panowanie na Morzu Czarnym rozpoczęto wzmacniać flotę rosyjską. W 1763 przeorganizowano dowództwo floty, co zostało zatwierdzone w 1765 w wydanym „Regulaminie kierowania przez sztab Admiralicji i sztaby Flot”. Za dowodzenie flotami i eskadrami byli odpowiedzialni dowódcy – fłagmani (admirałowie), zaś kolegia sprawowały nadzór nad fłagmanami. Przy fłagmanach były tworzone kancelarie stanowiące początki sztabów. Rozpoczęto szkolenie większej ilości oficerów, zmieniono także programy nauczania. Z Floty Bałtyckiej po raz pierwszy zostały wyodrębnione eskadry i skierowane na inne morskie teatr działań wojennych. Eskadra admirała Spirydowa po rozbiciu floty tureckiej w 1770 zdobyła panowanie na Morzu Egejskim. W 1771 armia rosyjska opanowała Cieśninę Kerczeńską, z twierdzami Kercz i Jenikale. Po wejściu armii rosyjskiej w deltę Dunaju w 1771 została sformowana Flotylla Dunajska. W 1773 oddział flotylli azowskiej wyszedł na Morze Czarne. Wojna rosyjsko-turecka 1768-74 zakończyła się zwycięstwem Rosji z opanowaniem brzegów Morza Azowskiego i brzegu Morza Czarnego między rzekami Bohem i Dniestrem. Krym został ogłoszony niepodległym, pod protektoratem Rosji, a w 1783 przyłączony do Rosji.