Jednak osiągnęła ona również znaczny i liczący się w świecie dorobek naukowy. Do najwybitniejszych naukowców rosyjskich, pracujących na puławskiej uczelni, zalicza się: Iwana Tiutczewa, Wasilija Dokuczajewa, Nikołaja Sibircewa, Konstantego Glinkę, Piotra Barakowa, Aleksandra Arbuzowa, Nikołaja Kryształowicza i Piotra Budrina. Wśród polskich naukowców na uwagę zasługują nazwiska botanika Feliksa Berdaua, zoologa Aleksandra Karpińskiego, chemika Władysława Dudrewicza, geologa Jana Trejdosiewicza, specjalisty warzywoznawstwa Antoniego Zielińskiego. Uczniem tej uczelni przez krótki czas (w 1870) był Bolesław Prus, który musiał ją jednak opuścić po konflikcie z jednym z rosyjskich profesorów. Do szkoły tej uczęszczali również Andrzej Strug i Ludwik Waryński.
W latach 1869-92 uczelnia nie miała statusu akademickiego, zakres nauczania lokował ją między technikum a wyższą szkołą zawodową. Po reformie szkolnej z 1892 status uczelni został zrównany z uniwersytetami, a program nauczania wydłużono do 4 lat. Również w Instytucie tym powstała w 1895, dzięki staraniom Dokuczajewa, pierwsza na świecie katedra gleboznawstwa.