W okresie międzywojennym Instytut prowadził szereg badań z zakresu rolnictwa, sadownictwa i hodowli zwierząt. W związku z intensyfikacją prac prowadzonych w PINGW wzrosło znaczenie wydawnictw ciągłych, które najszybciej informowały o najnowszych osiągnięciach nauki. Biblioteka otrzymywała w tym czasie około 150 tytułów czasopism i znacznie powiększyła swój księgozbiór. W czasie II wojny światowej zbiory biblioteczne uległy częściowemu zniszczeniu.
W latach okupacji niemieckiej działalność instytutu była sparaliżowana. Władze okupacyjne zmieniły jego dotychczasową strukturę i nazwę na Rolniczy Zakład Badawczy Generalnego Gubernatorstwa w Puławach. Nie miał on wielkich możliwości działania, spełniał natomiast funkcję schroniska dla wielu pracowników naukowych z całej Polski. Do Puław przewieziono część urządzeń z zajętych przez Wehrmacht budynków Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie.