To zbliżenie ze światem sunnickim zakończyło się już za panowania jego syna, Ala ad-Dina Muhammada (imam 1221–1255), który uznał działania ojca za przykład takijji, to jest ukrywania własnej religii, i powrócił do polityki kijamy. Za jego życia nizaryci zetknęli się z Mongołami, którzy rozpoczęli podbój ich terytoriów. Kolejny imam, Churszah (imam 1255–1257), po niezdecydowanych próbach oporu poddał się Mongołom, wydając im większość nizaryckich twierdz. Alamut poddał się w 1256 roku, zaś ostatnia twierdza nizarytów, Girdkuh, w roku 1270. Jednocześnie nizaryci syryjscy zostali zmuszeni do podporządkowania się sułtanowi mameluków Bajbarsowi (pan. 1260–1277). Tym samym państwo nizarytów przestało istnieć.
Podział na dwie linie i nawrócenie chodżów Niepotrzebny Mongołom Churszah został przez nich zamordowany w roku 1257. Zgodnie jednak z nizarycką tradycją już wcześniej ukryto jego małoletniego syna, Szams ad-Dina Muhammada (imam 1257–1310), który teraz został kolejnym imamem. We wrogim otoczeniu zarówno imam, jak i jego wyznawcy przyjęli praktykę takijji. W tym okresie wielu nizarytów wyemigrowało z Iranu do Afganistanu, Azji Środkowej i Sindu. Po śmierci Szams ad-Dina Muhammada wybuchł niejasny dla współczesnych historyków spór o sukcesję, w wyniku którego wyłoniły się dwie linie imamów: Muhammad Szahi i Kasim Szahi.