Towarowej (Tovární) i budowa przy tej samej ulicy nowego dworca autobusowego w 1986 r., a co za tym idzie zmiana przebiegu trasy tramwajów (z ul. Towarowej na Ostrawską). Zaczęto również unowocześniać tabor – zakupy zmodernizowanych tramwajów Tatra T3 (T3 SUCS, T3 M3, T3 R.P) pozwoliły na wycofanie w drugiej połowie lat 80. modeli T1 (1987) i T2 (1985).
W 1994 pojawił się w Ołomuńcu elektroniczny system informacji pasażerskiej (tablice informacyjne na przystankach wyświetlające m.in. rzeczywisty czas odjazdów autobusów i tramwajów). Rok później rozpoczęto kolejną wielką inwestycję – budowę torowiska od targowiska przy al. Wolności (třida Svobody) nad Młyńskim Potokiem przez al. 17 Listopada, dwujezdniową al. Kosmonautów (třida Kosmonautů) do Dworca Głównego. Odcinek o długości 1,8 km został otwarty 25 kwietnia 1997. 29 października 1998 rada miejska przyjęła nowy plan zagospodarowania przestrzennego, w którym uznano tramwaje za podstawę komunikacji miejskiej i zaplanowano dalszy rozwój sieci. W 1999 r. obchodzono stulecie ołomunieckich tramwajów. W tym samym roku pojawiły się w mieście pierwsze tramwaje niskopodłogowe – Škody 03 T.