Historia Powstało z połączenia trzech dawnych placówek muzealnych: botanicznej, zoologicznej i zielnika, zwanego herbarium. Muzeum Zoologiczne powstało w 1814 r., wkrótce po założeniu świeckiego, wówczas niemieckiego Uniwersytetu Wrocławskiego. Do obecnego budynku zbiory zostały przeniesione w 1904 roku. W czasie II wojny światowej gmach został zbombardowany i runęło całe skrzydło, a wystawy, z wyjątkiem Sali Szkieletowej, uległy całkowitemu zniszczeniu. Ocalało około 50% zbiorów zoologicznych, 1/3 botanicznych i 10% eksponatów. Po wojnie muzeum zostało przejęte przez polskie władze uniwersyteckie. Zabezpieczanie zachowanych kolekcji odbywało się pod kierownictwem prof. Kazimierza Sembrata oraz pierwszego kustosza doc. Jana Kinela oraz doc. Zofii Kozikowskiej. Budynek został wyremontowany, częściowo przebudowany, a zbiory zabezpieczone. Modernizacja budynku, reorganizacja zbiorów i organizacja pierwszych wystaw odbywały się pod nadzorem prof. Władysława Rydzewskiego, którego to imieniem zostało nazwane muzeum.
Od 2004 roku herbarium znajduje się w osobnym budynku przy ul. Sienkiewicza 5, gdzie – poza botanicznymi – przeniesiono również kolekcje entomologiczne.