Organizacja Oddziału WOP nr 9. w Nowym Sączu zapoczątkowana w pierwszych dniach października 1945 podobnie jak w przypadku Oddziału WOP nr 8. od samego początku napotkała znaczne trudności związane z brakiem ludzi, wyposażenia i sprzętu. Mimo tych trudności zorganizowane trzy komendy odcinka (41. – Nowy Targ, 42. – Jabłonka, 43. – Rajcza) z dniem 2 listopada 1945 przejęły ochraniane odcinki przez pododdziały 6. DP. W tej sytuacji dowództwo 6. DP przekazało 3 listopada 1945 cały dotychczas ochraniany przez siebie odcinek granicy Myto – Piwniczna Oddziałowi WOP nr 9., mimo nie objęcia przez dwie komendy (39. – Gorlice, 40. – Stary Sącz) przydzielonych im odcinków.
Na podstawie rozkazu Nr 0153/Org. Naczelnego Dowódcy WP z 21 września 1946 jednostka została przeformowana w 9 Krakowski Oddział WOP
Struktura Oddziału thumb Stan w 1945: Dowódca oddziału Adiutant Zastępca ds. polityczno-wychowawczych Wydział polityczno-wychowawczy Zastępca ds. liniowych Kierownik służby psów Szef sztabu Sztab Zastępca ds. wywiadu Wydział wywiadowczy Pomocnik ds.