W 1942 Niemcy wydali zgodę na odbudowę cerkwi Podwyższenia Krzyża Świętego. Część materiału budowlanego udało się pozyskać z rozbieranych baraków w pobliskich Mieleszkach. Wznoszona świątynia spłonęła jednak 25 lipca 1944, w trakcie ponownego przejścia frontu niemiecko-radzieckiego.
Po zakończeniu wojny, ze względu na brak cerkwi, nabożeństwa odprawiano w magazynie nad rzeką Jałówka, później w budynku szkoły podstawowej, a następnie w prywatnym mieszkaniu w Szymkach. W 1947 przy ocalałej z pożogi wojennej murowanej dzwonnicy wzniesiono prowizoryczną drewnianą kaplicę. W 1950 pobudowano dom parafialny. W 1958 przystąpiono do budowy nowej, murowanej cerkwi, zaprojektowanej przez prof. Aleksandra Grygorowicza. Część materiału budowlanego pozyskano z rozbiórki dzwonnicy; resztę kosztów pokryli parafianie. W 1962 parafia w Jałówce liczyła 1810 wiernych.
Cerkiew oddano do użytku w 1966 (14 listopada odprawiono w niej pierwsze nabożeństwo), jednak jej konsekracja miała miejsce dopiero 16 maja 1982 (poświęcenia dokonał ówczesny arcybiskup białostocki i gdański Sawa). W 1990 obok cerkwi wzniesiono (również według projektu Aleksandra Grygorowicza) kaplicę pomocniczą (będącą jednocześnie dzwonnicą) pod wezwaniem Świętych Konstantyna i Heleny.