Następnie obaj podróżnicy popłynęli wspólnie do Sydney, skąd Flinders kontynuował swoją wyprawę płynąc na północ wzdłuż zachodniego wybrzeża Australii, opływając i mapując ją.
Później w tym roku Flinders wyruszył do Anglii na pokładzie "The Porpoise", ale statek ten rozbił się na Wielkiej Rafie Koralowej. Flinders powrócił do Sydney na szkunerze holowanym wcześniej za "The Porpoise", pokonując tym małym statkiem dystans ponad 700 mil. Po przybyciu do Sydney zorganizował ekspedycję ratunkową dla reszty załogi pozostawionej na tak nazwanej później Rafie Wraku (ang. Wreck Reef).
Po uratowaniu załogi, Flinders ponownie wyruszył do Anglii, tym razem na pokładzie szkunera "The Cumberland", ale po drodze pogarszający się stan statku zmusił go do zawinięcia do portu na Mauritiusie. Nie wiedział jednak o tym, że Anglia ponownie znalazła się w stanie wojny z Francją. Francuski gubernator wyspy generał Da Caen uwięził Flindersa jako szpiega i Flinders ostatecznie spędził w więzieniu prawie 7 lat.