Po studium poświęconym freskom w gotyckich katedrach Francji (1954), ukazały się inne dzieła, w których fundamentalne zagadnienia poetyki rozważane są na tle dzieł i doświadczeń różnych dziedzin sztuki: od Piero della Francesca do Balthusa, od Pieśni o Rolandzie do Louisa des Forêts. Najważniejsze opracowania to: „Nieprawdopodobne” (1959), „Artur Rimbaud” (1961), „Sen śniony w Mantui” (1967), „Rzym 1630” (1970), „Wnętrze kraju” (1972), „Czerwony obłok” (1977), „Trzy uwagi na temat koloru” (1977), „Opowieści we śnie” (1987), „Prawda słowa” (1988), „O rzeźbiarzach i malarzach” (1989), „Rozmowy o poezji” (1990), „Alberto Giacometti: Biografia jednego dzieła” (1991).
Pracy twórczej towarzyszyła działalność pedagogiczna. Yves Bonnefoy prowadził wykłady na uniwersytetach francuskich, na uniwersytecie w Genewie, oraz na uniwersytetach amerykańskich. Był doktorem honoris causa uniwersytetu w Chicago, Trinity College w Dublinie, uniwersytetu w Rzymie. W roku 1981 otrzymał nagrodę Akademii Francuskiej. Także w 1981 roku został wybrany profesorem zwyczajnym Collège de France i objął kierownictwo Katedry studiów porównawczych funkcji poetyckiej. W roku 2007 otrzymał Nagrodę Franza Kafki w Pradze.