648 Kodeksu postępowania karnego sądy wojskowe rozpoznają także sprawy o: współdziałanie w popełnieniu przestępstw określonych wyżej w punkcie 1.1, przestępstwa poplecznictwa i paserstwa – jeżeli czyn pozostaje w związku z przestępstwem wskazanym wyżej w punkcie 1.1, inne przestępstwa, jeśli ustawy tak stanowią. z kolei z mocy przepisu przejściowego (art. 12 ustawy – Przepisy wprowadzające Kodeks postępowania karnego), sądy wojskowe do dnia wejścia w życie art. 647 Kodeksu postępowania karnego (czyli 1 stycznia 2008 r.) rozpoznawały sprawy żołnierzy w czynnej służbie wojskowej o wszelkie przestępstwa popełnione w czasie pełnienia tej służby.
Właściwość funkcjonalna sądów wojskowych określona została następująco: wojskowy sąd garnizonowy orzeka w pierwszej instancji we wszystkich sprawach, z wyjątkiem spraw przekazanych ustawą do właściwości innego sądu. Ponadto wojskowy sąd garnizonowy orzeka jednoosobowo w przedmiocie tymczasowego aresztowania w stosunku do stosunku do żołnierzy posiadających stopień wojskowy kapitana i niższy, a także rozpoznaje środki odwoławcze (zażalenia) od orzeczeń i zarządzeń wydanych w postępowaniu przygotowawczym przez prokuratora do spraw wojskowych lub upoważniony organ wojskowy (np. żołnierza Żandarmerii Wojskowej). Z kolei z mocy art.