W tym czasie w parafii św. Stanisława doszło do wystąpienia części wiernych przeciwko ich zdaniem krzywdzącemu zarządzeniu. Gdy odwołanie do biskupa Cleveland nie przyniosło skutków sympatycy księdza Franciszka Kołaszewskiego postanowili odejść z Kościoła rzymskokatolickiego i założyć niezależną parafię narodową. Na wieść o tym wydarzeniu Franciszek Kołaszewski opuścił parafię w Syracuse i powrócił do Cleveland. W 1894 stanął na czele swoich sympatyków i rozpoczął budowę kościoła Niepokalanego Serca Maryi bez zgody ordynariusza diecezji. Spotkało się to z natychmiastową reakcją kurii, która najpierw suspendowała księdza Kołaszewskiego, a następnie 20 czerwca 1894 ekskomunikowała.
Ksiądz polskokatolicki Po schizmie ksiądz Franciszek Kołaszewski nawiązał współpracę z innymi księżmi polskokatolickimi w Stanach Zjednoczonych Ameryki oraz z arcybiskupem, Mar Tymoteuszem I, którego zaprosił 19 sierpnia 1894 na głównego konsekratora kościoła parafii narodowej w Cleveland.
Z czasem stał się bliskim współpracownikiem arcybiskupa Josepha René Vilatte'a i został przez niego mianowany wikariuszem generalnym.