Krajowe Laboratorium Fizyki Atomowej, Molekularnej i Optycznej w Toruniu i Krajowe Centrum Informatyki Kwantowej w Gdańsku).
W 2003 roku otrzymał tytuł profesora nauk fizycznychPostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 11 kwietnia 2003 r. nr 115-4-03 o nadaniu tytułu naukowego profesora ().. W latach 2005–2018 dyrektor Instytutu Fizyki Teoretycznej i Astrofizyki Uniwersytetu Gdańskiego.
W latach 2010–2018 członek Rady Narodowego Centrum Nauki. W 2020 r. został członkiem korespondentem PAN.
Wybrane prace „Event-Ready Deterctors” Bell Experiment via Entanglement Swapping (Żukowski, Zeilinger, Horne, Ekert, Phys. Rev. Lett. 71, 4297, 1993), która wprowadza pojęcie wymiany splątania, Violations of Local Realism by Two Entangled N-Dimensional Systems Are Stronger than for Two Qubits (Kaszlikowski, Gnaciński, Żukowski, Miklaszewski, Zeilinger, Phys. Rev. Lett. 85, 4418, 2000), w której autorzy wykazują, iż w przypadku [stan kwantowy|stanu kwantowego] dwóch quNitów (układy kwantowe opisywane N-wymiarową [przestrzeń Hilberta|przestrzenią Hilberta]) nieklasyczne właściwości rosną wraz ze wzrostem N. Bell’s Theorem for General N-Qubit State (Brukner, Żukowski, Phys. Rev. Lett.