W rolę showrunnera oraz producenta wykonawczego Hillenburg obsadził , który przedtem był scenarzystą oraz storyboardzistą.
W 2014 roku ogłoszono, że Hillenburg powróci do pracy nad serialem. Po śmierci autora w 2018 roku producentami wykonawczymi zostali oraz . Przyszły właściciel Nickelodeon, Brian Robbins stwierdził w 2019 roku, że praca nad serialem będzie kontynuowana póki stacja nadaje.
Według Luke’a Brookshiera, jednego ze scenarzystów serialu, SpongeBob jest tworzony inaczej niż pozostałe seriale telewizyjne”. W przeciwieństwie do większości współczesnych produkcji, odcinki SpongeBoba Kanciastoportego nie są bazowane na gotowych scenariuszach. Konspekty fabuły są tworzone przez pięcioosobowy zespół scenarzystów, którzy następnie przekazują je do storyboardzistów. Na podstawie dwustronicowego konspektu powstaje storyboard. Jedną z metod tworzenia storyboardów było używanie karteczek samoprzylepnych. Podczas tego procesu dodawana jest większość żartów oraz dialogów. Brookshier porównał ten proces do sposobu tworzenia kreskówek we wczesnych latach animacji. Prawie każdy odcinek jest podzielony na dwa jedenastominutowe segmenty, co Hillenburg uzasadniał tym, że „nie chciał tworzyć serialu, w którym odcinki trwałyby pół godziny”.