W 1941 klub zawiesił pod przymusem władz swoją działalność wraz z momentem przybycia do Banja Luki Ante Pavelicia, przywódcy NDH. 23 czerwca 1945 mieszkańcy Banja Luki rozegrali pierwszy mecz piłkarski po zakończeniu II wojny światowej, co uznano za symboliczny powrót Boraca. Klub zmienił nazwę na Fudbalski klub Borac (Klub Piłkarski Borac). W 1950 rozpoczął rozgrywki w trzeciej lidze, awansując do drugiej ligi w 1958.
Borac awansował do pierwszej ligi Jugosławii w sezonie 1961/62, jednak już po roku spadł z powrotem do drugiej ligi. Ponowny awans do najwyższej ligi klub uzyskał w sezonie 1970/71 i tym razem rozegrał w pierwszej lidze cztery sezony z rzędu.
Sezon 1974/75 Borac spędził w drugiej lidze. Dzięki dobrej grze powrócił do pierwszej ligi i tym razem utrzymał się w niej przez 5 sezonów - do 1980 roku. Ponadto w 1975 dotarł do finału Pucharu Jugosławii, gdzie przegrał z Hajdukiem Split 0:1. Ponieważ Hajduk zdobył w tamtym sezonie również mistrzostwo Jugosławii, wystartował w bardziej prestiżowym Pucharze Mistrzów, natomiast Borac wziął udział w Pucharze Zdobywców Pucharów w sezonie 1975/76. W pierwszej rundzie drogą losowania trafił na luksemburski klub US Rumelange.