W 1949 RKU przystąpiła do powszechnej rejestracji mężczyzn i założyła nową ewidencję oraz rozpoczęła wydawanie nowych książeczek wojskowych. Do realizacji tych zadań powołano trzy komisje w powiatach Gdynia, Kartuzy i Morskim.
Wielokrotnie RKU zmieniała swoją siedzibę. W 1948 przeniesiona była na ul. Sieroszewskiego 7, a w 1951 na ul. Waszyngtona 1.
W marcu 1952 zmieniono podległość RKU z Okręgu Wojskowego do Wojskowej Komendy Wojewódzkiej w Gdańsku, a w kwietniu tego roku zmieniono jej nazwę z Rejonowej Komendy Uzupełnień na Wojskową Komendę Rejonową.
W 1954 przeniesiono jej siedzibę z ul. Waszyngtona 1 na ul. 10 lutego 29a. Od 3 września 1955 WKR miał swoją nową siedzibę przy ul. Świętojańskiej 72.
W 1957 następuje nowy podział administracyjny i WKR Gdynia obejmuje swoim działaniem dwa miasta Gdynię i Sopot.
Z dniem 1 stycznia 1965 na podstawie rozkazu ministra obrony narodowej z dnia 5 grudnia 1964 został powołany Miejski Sztab Wojskowy, a Wojskowa Komenda Rejonowa została rozwiązana i włączona w jego skład.