Pierwszą siedzibą Wojewódzkiego Sztabu Wojskowego w Olsztynie był budynek Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej przy ul. Mikołaja Kopernika 48. 240px|mały|W latach 2001–2019 Siedziba WSzW w Olsztynie, obecnie Dowództwo 16 PDZ Kolejno siedzibami WSzW były: 1967–1993 - Urząd Wojewódzki przy al. J.Piłsudskiego 7/9; 1993–2001 - budynek Nr 1 w kompleksie koszarowym przy ul. Artyleryjskiej 1; 2001–2019 - budynek Nr 1 w kompleksie wojskowym przy ul. Jagiellońskiej 53; 2019 - budynek Nr 7 w kompleksie wojskowym przy ul. Saperskiej 1. od 2019 budynek przy al. Warszawskiej 96
W związku z reformą podziału administracyjnego kraju, która weszła w dniu 1 stycznia 1999 r., z początkiem 1999 roku powrócono do nazwy Wojewódzki Sztab Wojskowy w Olsztynie. Realizuje on zadania określone w ustawach i przepisach wykonawczych na obszarze województwa warmińsko-mazurskiego.
Struktura organizacyjna Kierownictwo Wydział Operacyjny Wydział Mobilizacji i Uzupełnień Pion Ochrony Informacji Niejawnych Pion Prawny Sekcja Kadr Sekcja Łączności i Informatyki