WSzW w Warszawie podporządkowano 20 wojskowych komend uzupełnień (WKU): Ciechanów, Garwolin, Grójec, Kozienice, Mińsk Mazowiecki, Mława, Nowy Dwór Mazowiecki, Ostrołęka, Otwock, Płock, Pruszków, Radom, Siedlce i Wyszków oraz sześć warszawskich – Mokotów, Ochota, Praga Południe, Praga Północ, Śródmieście i Żoliborz.
W związku z prowadzoną restrukturyzacją wojska, w 2002 roku wszedł w życie nowy etat WSzW, zmieniający jego strukturę wewnętrzną i zmniejszający liczbę kadry zawodowej. Zgodnie z rozporządzeniem Ministra Obrony Narodowej z 16 maja 2002 roku Szefowi WSzW w Warszawie podlegało 17 WKU na obszarze województwa mazowieckiego (rozformowano 3 WKU w: Mławie, Otwocku i Pruszkowie).
Następnie Zgodnie z rozporządzeniem Ministra Obrony Narodowej z 4 marca 2010 roku na terenie województwa mazowieckiego od dnia 1 stycznia 2011 roku funkcjonuje i podlega Wojewódzkiemu Sztabowi Wojskowemu w Warszawie 12 Wojskowych Komend Uzupełnień:
WKU Ciechanów, WKU Garwolin, WKU Mińsk Mazowiecki, WKU Ostrołęka, WKU Płock, WKU Radom, WKU Siedlce, WKU Warszawa Mokotów, WKU Warszawa Ochota, WKU Warszawa Praga, WKU Warszawa Śródmieście, WKU Wyszków.
Rozformowano 6 WKU: Grójec, Kozienice, Nowy Dwór Mazowiecki, Praga Południe, Praga Północ, Żoliborz i sformowano 1 WKU Warszawa - Praga.