Nazwa ich pochodzi od miasta Samaria. Było ono drugą (lub trzecią) stolicą północnego królestwa Izrael po podziale pierwotnego państwa żydowskiego (około 928 p.n.e.). Nazwę Samaria przejęło później również całe państwo. Tożsamość narodowa Samarytan zaczęła się kształtować w wyniku najazdu (w 732 p.n.e.) i ostatecznego unicestwienia w 722 p.n.e. królestwa Izrael/Samarii przez króla Asyrii Sargona II. Znaczna część mieszkających w nim Żydów została wysiedlona w głąb Asyrii, na ich miejsce sprowadzono zaś innych mieszkańców imperium, co przeprowadzono w czterech kolejnych przesiedleniach w latach: 721 p.n.e., 715 p.n.e., 680 p.n.e. i w połowie VII w. p.n.e. W czasie pierwszego przesiedlenia sprowadzono do Samarii ludność z pięciu północnomezopotamskich prowincji, w tym również z prowincji Kuteh (Kutim). Z tego powodu Żydzi w przeszłości używali wobec Samarytan określenia Kutim, co miało sugerować, że nie są Żydami, lecz Kutejczykami (nazywali ich również Sydończykami, Szachemitami i Amha’aretami, czyli cudzoziemcami). Ze względu na większą otwartość tutejszej ludności niż mieszkańców królestwa południowego – Judy, dochodziło do licznych małżeństw mieszanych i pewnego synkretyzmu religijnego.