Pawiej (2008) thumb|Wylot tunelu na Rondzie Mogilskim i przystanek tramwajowy w kierunku Dworca Głównego thumb|Wyjście awaryjne z tunelu przy ulicy Iwony Borowickiej
Wjazd do tunelu znajduje się w północnej części poziomu -1 Ronda Mogilskiego. Następnie skręca on na zachód i biegnie pod ul. Lubomirskiego i pod dworcem PKP Kraków Główny, gdzie zlokalizowany jest przystanek Dworzec Główny Tunel. Pod Galerią Krakowską na powrót skręca on na północ, do dwupoziomowego przystanku Politechnika. Tuż za nim znajduje się rampa wyprowadzająca tory na powierzchnię, które łączą się z linią wzdłuż ul. Pawiej pod wiaduktem al. 29 Listopada. Poszczególne odcinki, z powodu długiego okresu budowy i zmian w technikach budowania oraz przepisach różnią się między sobą budową. Od Ronda aż do pierwszego z przystanków oba tory biegną w jednej, szerokiej komorze, a dopiero w najnowszej części zachodniej – w oddzielnych. Na wysokości przystanku „Dworzec Główny Tunel” znajduje się podstacja trakcyjna.