Został on aresztowany 31 sierpnia 1907, gdy udał się do domu aresztowanego tego samego dnia Wincentego Jastrzębskiego z OB PPSWincenty Jastrzębski, Wspomnienia 1885–1919, Warszawa 1966, s. 246..
Postawiono mu zarzut należenia do Wydziału Bojowego PPS Frakcji Rewolucyjnej. Nie udowodniono mu jednak udziału w zamachach. Skazany przez Warszawski Wojenny Sąd Okręgowy (sądzono wówczas 14 działaczy m.in. Józefa Montwiłł-Mireckiego) w sierpniu 1908, na 4 lata katorgi. Kara została złagodzona na osiedlenie. Ostatecznie zamieniono mu wyrok na dwa miesiące aresztu i wydalenie poza granice Królestwa. Osiedlił się w Krakowie. Tam prowadził kursy „bombiarzy” dla członków Organizacji Bojowej.
W sierpniu 1909 udał się ponownie do Królestwa, aby zorganizować kolejny zamach na generał-gubernatora Skałona. Wraz z nim przybyli: Józef Kobiałko „Walek”, Władysław Lizuraj „Poniatowski”, Faustyna Morzycka „Barbara” i Felicja Hellmanowa „Babcia”. Zamachowcy mieli rzucić bombę z hotelu „Niemieckiego” przy ul. Świętokrzyskiej na generała żandarmerii Uthoffa. Przewidywano, że Skałon będzie uczestniczył w pogrzebie swojego współpracownika i wtedy zostanie dokonany zamach na niego z wynajętego mieszkania przy ul. Chłodnej. 10 października 1909 Mańkowski i Morzycka rzucili bomby na samochód Uthoffa.