W 1954 przeprowadzono centralizację struktury administracyjnej Kościoła Polskokatolickiego w PRL dzieląc sam Kościół na cztery dekanaty: centralny, lubelski, śląsko-małopolski i pomorski. Rok 1957 przyniósł kolejną reformę administracyjną - powrócono do podziału na 7 dekanatów, w 1958 było ich już tylko 6: centralny, lubelski, chełmski, krakowski oraz wrocławski.
Kiedy wydawało się, że powyższy podział przetrwa dłuższy czas, postanowiono na nowo ulepszyć strukturę administracyjną Kościoła Polskokatolickiego w PRL. Decyzja w tej sprawie zapadła pod koniec 1959, natomiast weszła w życie na początku kolejnego, kiedy bp Maksymilian Rode powiadomił księży o nowym podziale administracyjnym na 11 dekanatów. W 1961 na mocy dekretu wydanego 23 marca bp Rode doprowadził do utworzenia trzech jednostek wyższego rzędu, tj. diecezji. Diecezja krakowska składała się z dekanatów: krakowskiego, bolesławskiego, kieleckiego i rzeszowskiego. W sumie w diecezji krakowskiej były 4 dekanaty i 22 parafie. W 1975 diecezja liczyła 22, a w 1989 – 32 parafie.