W lutym otrzymał obietnicę odszkodowania w wysokości 30 tys., przy czym źródła są rozbieżne czy pieniądze otrzymał czy nie i dlatego podtrzymał swoją rezygnację. 25 lutego 1867 został bezpłatnie urlopowany. Według Echarda, Chassepot, będąc wciąż inspektorem uzbrojenia odsprzedał swoje patenty przedsiębiorstwu Cahen & Lyon, którego został udziałowcem; wywołany tym konflikt z władzami wojskowymi poskutkował jego odejściem 1 marca 1867. Zasadniczą umowę z przedstawicielami Cahen, Lyon & Ce na 15 lat, dotycząca produkcji i sprzedaży we Francji i za granicą karabinów iglicowych i starszych wersji swoich konstrukcji, Chassepot podpisał we wrześniu 1867.
19 stycznia 1870 Chassepot otrzymał propozycję powrotu do armii, ale ponieważ nie zaoferowano mu ochrony jego praw do wynalazku, odmówił. Gen Lebœuf uznając że wynalazcy należy się nagroda, przedłożył wniosek o nadanie mu tytuł Oficera Legii Honorowej, który został mu przyznany 12 marca 1870. Tego samego dnia Chassepot ostatecznie wystąpił z armii.