Żołnierze armii słowackiej w większości poszli do niewoli lub rozproszyli się, część została wysłana na roboty przymusowe.
Nowe dowództwo powstania przeniosło się w Niżne Tatry, gdzie na początku listopada 1944 r., w zamknięciu Doliny Łomnistej, utworzono siedzibę Sztabu Głównego wojsk powstańczych. Oddziały partyzanckie również wycofały się w góry, gdzie w odludnych dolinach, w trudnych warunkach nadchodzącej zimy, budowały swe ziemianki i obozy. Niemieckie akcje odwetowe i walki partyzanckie trwały aż do opanowania terenów Słowacji przez Armię Czerwoną i I Czechosłowacki Korpus Armijny wiosną 1945 r.
30 października 1944 w zdobytej przez Niemców powstańczej stolicy Bańskiej Bystrzycy prezydent Republiki Słowackiej Jozef Tiso odprawił mszę dziękczynną z okazji zdławienia powstania. Następnie, po uroczystej defiladzie, udekorował wysokimi odznaczeniami niemieckich żołnierzy biorących udział w tłumieniu powstania, wyrażając im głęboką wdzięczność. Obrońcy słowackiego prezydenta dowodzą, że taka reakcja była polityczną ceną za łagodne potraktowanie większości wziętych do niewoli powstańców.