Urządzanie było reklamowane w programie o grach Escape, emitowanym na Polonia 1.. Pomimo zbliżonej ceny do konkurencji, Nintendo 64 nie udało się przebić PlayStation, głównie z powodu mniejszej sieci dystrybucyjnej oraz znacznie droższych gier. Pod koniec 1999 roku, obowiązki dystrybutora przejęła spółka Lukas Toys, która próbowała reklamować Nintendo 64 w oparciu o popularną markę Pokemon.
Rok 1999 to czas regresji systemu oraz coraz większa dominacja PlayStation a także zbliżająca się premiera nowych, 128-bitowych systemów jak Dreamcast. W tym okresie, Nintendo 64 było atakowane przez konkurencje za bycie systemem dla dzieci i zarzucano małą liczbę gier dla dorosłych, co zostało podważone przez niektóre media. W tym samym czasie, w Japonii umożliwiono podłączenie konsoli do internetu oraz ukazał się dodatek 64DD, będący stacją na dyskietki oraz zwiększający pamięć.
Pomimo wielu dobrych gier, jako najważniejszą przyczynę porażki Nintendo 64, wymienia się dalsze używanie kartridży. Przełożyło się to na droższe gry niż konkurencja oraz wycofanie się części deweloperów jak m.in Square Enix, co rzutowało na mniejszą bibliotekę gier. Konsola została wycofana z produkcji w 2002 roku, ponieważ Nintendo chciało skupić się na rozwoju nowszego GameCube i Game Boy Advance.