Siedziba muzeum Od początku lutego 2009 siedziba Muzeum II Wojny Światowej mieściła się w ciągu kamienic przy ul. Długiej 81/83 w Gdańsku. Siedziba ta miała mieć charakter tymczasowy i pełnić swoją funkcję do 2014, kiedy to planowane było oddanie do użytku nowoczesnego budynku muzealnego, zbudowanego przy ul. Wałowej, na terenie historycznej Wiadrowni oraz byłej pętli autobusowej, u zbiegu Kanału Raduni i Motławy, w pobliżu historycznego budynku Poczty Polskiej w Wolnym Mieście Gdańsku – jednego z miejsc, gdzie rozpoczęła się II wojna światowa.
W 2009 w wyniku konkursu stworzono wizualizację wystawy głównej, zgodną z założeniami teoretycznymi koncepcji programowej. Nagroda główna w konkursie wyniosła 50 tys. euro, przy czym ogólna pula nagród wyniosła łącznie 100 tys. euro. Następnym etapem tworzenia Muzeum II Wojny Światowej było przeprowadzenie międzynarodowego konkursu architektonicznego na budynek muzealny przy ul. Wałowej, dostosowany funkcjonalnie do potrzeb ekspozycji głównej, wystaw czasowych oraz funkcji edukacyjnych i archiwalnych muzeum. Projekt budynku został wybrany w 2010, a pierwszą nagrodę w konkursie zdobył projekt studia architektonicznego „Kwadrat” z Gdyni. Budynek muzeum zajmuje powierzchnię około 23 tys.