Zdzisław Najder – historyk literatury, opozycjonista w czasach PRL, były dyrektor Rozgłośni Polskiej Radia Wolna Europa, Jacek Taylor – adwokat, obrońca w procesach politycznych, Dorota Zawacka-Wakarecy – Prezes Fundacji „Archiwum i Muzeum Pomorskie Armii Krajowej oraz Wojskowej Służby Polek” w Toruniu. Czesław Cywiński i Andrzej Przewoźnik zginęli tragicznie 10 kwietnia 2010 w katastrofie samolotu pod Smoleńskiem jako członkowie oficjalnej delegacji władz Rzeczypospolitej Polskiej, która udawała się na obchody upamiętniające 70. rocznicę Zbrodni Katyńskiej. W ich miejsce do Rady w listopadzie 2010 r. powołani zostali: prof. Jack Lohman – historyk sztuki, architekt, dyrektor Museum of London, ppłk Tadeusz Filipkowski – filolog polski, publicysta, były żołnierz AK. 8 grudnia 2010 na Przewodniczącego Rady Muzeum w miejsce Andrzeja Przewoźnika wybrany został Bogdan Chrzanowski.

W 2012 w miejsce owej pierwszej Rady powołana została Rada Powiernicza Muzeum, której pierwsze posiedzenie odbyło się 24 maja 2012.