Zmarł w wieku 96 lat. Pochowany 15 stycznia 1993 na cmentarzu w sąsiadującej z Maisons-Laffitte miejscowości Le Mesnil-le-Roi, obok zmarłej w 1981 roku siostry Marii. Życie prywatne Nigdy się nie ożenił. Przez pewien czas w Paryżu wynajmował mieszkanie z Siergiejem Nabokowem (bratem Vladimira Nabokova), z którym nawiązał romans. Związek skończył się, kiedy chory na dur brzuszny Czapski wyjechał na leczenie do Londynu.
Czapski był głęboko wierzącym katolikiem, a jego wiara wpłynęła na jego twórczość i osobistą filozofię, a także na jego zmagania z seksualnościąEric Karpeles (2019). Prawie nic: Józef Czapski: biografia malarza. Warszawa: Noir Sur Blanc. ISBN 978-83-65613-84-4..
Znał osobiście między innymi noblistę Alberta Camusa, Emila Ciorana i Mirona Białoszewskiego.
Miał dwa metry wzrostu.
Twórczość (pisarska) thumb|Popiersie Józefa Czapskiego w Alei Sław na Skwerze Harcerskim im. Szarych Szeregów w Kielcach mały|Pomnik Józefa Czapskiego autorstwa Karola Badyny (2025)Ekspozycja w ramach czasowej wystawy „Rzeźbiarskie portrety pisarzy i wydawców” w ogrodzie Wojewódzkiej Biblioteki Publicznej w Krakowie thumb|Tablica upamiętniająca Józefa Czapskiego na ścianie zewnętrznej kościoła św. Karola Boromeusza na warszawskich Powązkach