Na pierwszego komendanta organizacji został zaocznie wyznaczony gen. dyw. Marian Żegota-Januszajtis, ale wskutek jego nieobecności (przebywał we Lwowie, gdzie 27 października 1939 roku został aresztowany przez funkcjonariuszy Ludowego Komisariatu Spraw Wewnętrznych), funkcję tę powierzono wkrótce por. rez. Aleksandrowi Demidowicz-Demideckiemu ps. „Aleksander” – członkowi Komitetu Głównego Stronnictwa Narodowego. W grudniu 1939 opuścił on jednak kraj. W związku z tym na pełniącego obowiązki komendanta organizacji wyznaczono z kolei ppor. rez. Bolesława Kozubowskiego ps. „Gruby”, „Trojanowski”.
W latach 1940–1941 miały miejsce na terenie Pomorza, Krakowskiego, Zagłębia Dąbrowskiego i Warszawskiego masowe aresztowania działaczy Stronnictwa Narodowego. W tym czasie Niemcy rozbili także działającą głównie na terenie Wielkopolski Narodową Organizację Bojową. W połowie 1941 Stronnictwo Narodowe przystąpiło do odbudowy swoich struktur. Nowy prezes Zarządu Głównego Stronnictwa Narodowego Stefan Sacha we wrześniu 1941 powołał na stanowisko Komendanta Głównego Narodowej Organizacji Wojskowej ppłk. Józefa Rokickiego ps. „Karol”.