Na czele rozłamu w Narodowej Organizacji Wojskowej stanął zastępca Komendanta Głównego pułkownik Ignacy Oziewicz. W połowie września 1942 roku z połączenia rozłamowców z Narodowej Organizacji Wojskowej i Związku Jaszczurczego powstały Narodowe Siły Zbrojne. Natomiast pozostała część Narodowej Organizacji Wojskowej podporządkowała się Armii Krajowej, co odbyło się w dwóch fazach: w listopadzie 1942 roku i drugiej od sierpnia 1943 roku.

W 1942 Narodowa Organizacja Wojskowa miała ok. 80 000 członków. Najsilniejsze wpływy posiadała na Mazowszu, Lubelszczyźnie, w Wielkopolsce i Małopolsce. Narodowa Organizacja Wojskowa miała także oddziały partyzanckie, wśród których można wymienić dowodzone przez majora Franciszka Przysiężniaka ps. „Ojciec Jan”, porucznika Józefa Czuchrę ps. „Orski”, „Mnich”, „Bogumił”, „Podhalanin”, ppor. Leona Janię ps. „Łaski”, „Bryza”, czy kapitana Józefa Zadzierskiego ps. „Wołyniak”. Przede wszystkim Narodowa Organizacja Wojskowa prowadziła jednak działalność wywiadowczą oraz rozpoznanie konfidentów i szczególnie niebezpiecznych funkcjonariuszy hitlerowskich, zdobywano broń, amunicję i środki finansowe, tworzono system łączności, głównie patroli terenowych, a także kolportaż podziemnej prasy. Przeprowadzano akcje sabotażowo-dywersyjne i w celach samoobrony.