Najczęściej przebywał w Krakowie, gdzie na terenie kapituły rozwinął ożywioną działalność. Między innymi, przygotowywał na synody szereg instrukcji, zawierających ostrą krytykę episkopatu i domagająca się przyjęcia uchwał trydenckich. W tym okresie stał się gorliwym zwolennikiem kontrreformacji, współpracował aktywnie z W. Kuczborskim i J. Górskim. Od roku 1568 był opiekunem bursy filozofów. W 1569 roku jako sekretarz królewski Zygmunta II Augusta wraz z Janem Zamoyskim uczestniczył w spisywaniu inwentarza Archiwum Skarbca Koronnego na WaweluMirosław Korolko, Seminarium Rzeczypospolitej Królestwa Polskiego. Humaniści w kancelarii królewskiej Zygmunta Augusta, Warszawa 1991, s. 204..
Twórczość Od roku 1535 zbierał, a następnie omawiał dokumenty historyczne wydane w postaci dzieła Acta Tomiciana. Pomocą materialną służył mu wtedy Zygmunt August.