W 1560 parafia przeżyła ciężkie chwile, kiedy kościół św. Trójcy za zgodą kasztelana będzińskiego Jana Firleja został przejęty przez braci polskich z Ogrodzieńca. Kościół został zamieniony na zbór, a katolicy zostali zmuszeni do uczęszczania do odległego o kilka kilometrów kościoła św. Stanisława w Czeladzi. Silnie zdewastowany kościół św. Trójcy powrócił do katolików na skutek interwencji królewskiej w roku 1564. W roku 1577 kościół miał zostać sprofanowany przez różnowierców. Jego odbudowa trwała aż do 1601 roku.
W 1589 roku w będzińskiej parafii przy okazji paktów będzińsko-bytomskich o zrzeczenie się roszczeń Maksymiliana Habsburga do tronu polskiego gościł kardynał Hipolit Aldobrandini, późniejszy papież Klemens VIII.
W drugiej połowie XVI w. wybudowano drewnianą kaplicę św. Tomasza na cmentarzu poza za murami miasta. Została ona wyświęcona pod wezwaniem Tomasza Becketa. Jest ona wzmiankowana w roku 1598.
W czasie wojen szwedzkich w XVII wieku kościół został poważnie zniszczony. Jego odbudowa nastąpiła w 1660 roku w stylu barokowym. Obniżono wówczas znacznie wieżę kościelną.
W końcu XVIII wieku do kościoła, dzięki fundacji rodziny Mieroszewskich dobudowana została kaplica Matki Boskiej Częstochowskiej.