30 kwietnia Ministerstwo zostało zlikwidowane, a Fradkow stanął na czele komisji likwidacyjnej.
14 maja 1998 zgromadzenie akcjonariuszy zakładu ubezpieczeń „Ingosstrach” wybrało go na stanowisko przewodniczącego rady dyrektorów, zaś 23 lutego 1999 M. Fradkow objął w tej firmie funkcję dyrektora generalnego.
25 maja 1999 powrócił do pracy w rządzie, obejmując stanowisko ministra handlu, tym razem w gabinecie kierowanym przez Siergieja Stiepaszyna. Stanowisko to zachował także w rządzie Władimira Putina, działającym od sierpnia do maja 2000. Nie wszedł natomiast w skład rządu Michaiła Kasjanowa, powołanego 7 maja 2000.
Jako członek kierownictwa ministerstw odpowiedzialnych za kontakty gospodarcze z zagranicą wchodził w skład różnych międzyresortowych oraz międzyrządowych komisji ds. międzynarodowej współpracy ekonomicznej z krajami WNP, Stanami Zjednoczonymi i państwami europejskimi.